Zemědělský podnik, včetně drobných zemědělců, je z hlediska ochrany životního prostředí standardním podnikatelem se všemi povinnostmi, které vyplývají z obecně platných právních předpisů v oblasti ochrany životního prostředí. Jedná se zejména o oblast odpadového hospodářství, ochrany vod a ovzduší a nakládání s chemickými látkami.
Aktuálně je potřebné akceptovat změny v odpadovém hospodářství (značení nebezpečných odpadů) a nakládání s chemickými látkami (změna zákona o prevenci závažných havárií, značení chemických látek a vztah k zákonu o ochraně veřejného zdraví – pravidla o bezpečnosti, ochraně zdraví a životního prostředí).
Z kontrol plnění předpisů o ochraně životního prostředí jsou zaznamenány následující, často se opakující nedostatky.
Ochrana ovzduší
- Nejsou plněny termínované zásady ohlašování měření emisí.
- Bioplynové stanice nejsou provozovány přesně podle podmínek provozního řádu (skladba a množství vstupních surovin).
- Při změnách vyjmenovaných zdrojů znečištění není postupováno podle platných předpisů, zejména při změnách v chovech hospodářských zvířat (kapacita, kategorie chovaných zvířat, změny technologie apod.).
Ochrana vod
- Nejsou kalibrovány vodoměry při odběru podzemních vod.
- Havarijní plány nejsou aktuální (přechodná polní hnojiště).
- Zkoušky těsnosti nádrží (i jímek) a potrubí na látky závadné vodám nejsou prováděny vůbec nebo není dodržen maximální interval 5 roků (silážní šťávy, hnojůvka, močůvka, kejda, čerpací stanice nafty apod.).
Ostatní
- Nejsou zpracována základní hodnocení ekologické újmy pro studny, přechodná hnojiště apod.
- Chladící zařízení s obsahem freonů (mléčnice, klimatizace apod.) nejsou kontrolována v zákonných termínech.